Schon in mehreren Jahren hat der FC Magdeburg im DFB-Pokal gegen verschiedene Erst- und Zweitligisten spielen dürfen.
Hier eine Übersicht aller DFB-Pokal-Teilnahmen:
24.08.1993 1. FC Magdeburg - Wuppertaler SV 8:7
11.09.1993 1. FC Magdeburg - Bayer Leverkusen 1:5
29.08.1998 1. FC Magdeburg - KFC Uerdingen 1:2
26.08.2001 1. FC Magdeburg - VfL Wolfsburg 1:5
31.08.2003 1. FC Magdeburg - MSV Duisburg 3:4
09.09.2006 1. FC Magdeburg - SC Paderborn 07 7:8
04.08.2007 1. FC Magdeburg - Borussia Dortmund 1:4
01.08.2009 1. FC Magdeburg - Energie Cottbus 1:3
2012/2013
03.08.2013 1.FC Magdeburg - Energie Cottbus 0:1
2013/2014
1. Runde: 17.08.2014 1.FC Magdeburg - FC Augsburg 1:0
2. Runde: 29.10.2014 1.FC Magdeburg - Bayer Leverkusen 6:7n.E. (1:1; 2:2)
2016/2017
1. Runde: 1.FC Magdeburg - Eintracht Frankfurt 3:4 n.E.
2017/2018
1. Runde: 1.FC Magdeburg - FC Augsburg 2:0
2. Runde: 1.FC Magdeburg - Borussia Dortmund 0:5